染色质免疫沉淀技术与PCR技术结合,检测活体细胞状态下与特异蛋白结合的DINA片段。将活体细胞中的蛋白一染色质复合物分离,超卢波随机剪切染色质。利用蛋白A凝胶纯化蛋白质特异抗体-蛋白-染色质复合物,纯化物经解离获得蛋白结合的(片段化的)染色质。特异引物扩增鉴定共沉淀的DNA片段或对共沉淀的所有DNA进行测序。
染色质免疫共沉淀技术用于分析目标基因有没有活性、或者分析一种已知蛋白(转最因子)的靶基因有那些。ChIP-PCR技术主要应用于验证及探寻体内环境中。蛋白质和DNA的直接相互作用,旨在探索特定蛋白质在DNA上的特定结合序列(与SIP实验相结合,可以确定待定结合位点)。ChIP-Seg 技术用于筛选与目的蛋白结合的DNA,常在研究转录调控以及组蛋白修饰中被应用到。